Universitas Muhammadiyah Kupang sebagai salah satu Perguruan Tinggi Swasta yang ada di Nusa Tenggara Timur, didirikan tahun 1987 dalam usianya yang ke-30 tahun telah menghasilkan output sejumlah 12.475 dan alumninya telah bekerja di seluruh instansi swasta maupun pemerintah. Dilihat dari penampilan fisik Universitas Muhammadiyah Kupang sedang berbenah diri dengan membangun gedung kuliah bersama baru yang representatif . Dari sisi kualitas Universitas Muhammadiyah Kupang menduduki urutan ke-2 PTS se-Nusa Tenggara Timur, hal ini berdasarkan penilaian akreditasi dari KOPERTIS Wilayah VIII karena mampu mampu mempertahankan nilai akreditasi B untuk sebagian besar program studinya. 
Universitas Muhammadiyah Kupang memiliki 6 Fakultas dan 16 Program Studi. Adapun fakultas dan program studinya adalah sebagai berikut: Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan memiliki 5 PRODI yaitu Pendidikan Matematika, Pendidikan Sosiologi, Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD), Pendidikan Bahasa Indonesia dan Pendidikan Biologi. Fakultas Ekonomi memiliki 2 PRODI yaitu Manajeman dan Akuntansi. Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik memiliki 4 PRODI yaitu Ilmu Kesejahteraan Sosial, Antropologi, Ilmu Politik dan Sosiologi. Fakultas Perikanan memiliki 2 PRODI yaitu Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP), dan Agrobisnis Perikanan (AGP). Fakultas Agama Islam memiliki 2 PRODi yaitu Syariah (Hukum Islam) dan Tarbiyah (Pendidikan Agama Islam), Fakultas Hukum memiliki 1 PRODI yaitu Ilmu Hukum .
Mahasiswa Universitas Muhammadiyah Kupang sejumlah 4270 mahasiswa dan 70% dari mahasiswa tersebut adalah mahasiswa non muslim ini menunjukkan bahwa kampus Universitas Muhammadiyah Kupang adalah kampus pluralis dalam kegiatan belajar mengajarnya.
Hampir semua staff pengajar berkualifikasi S-2 dan 6 doktor yang memiliki kualifikasi dan kompetensi di bidangnya.
Universitas Muhammadiyah Kupang merupakan satu satunya Perguruan Tinggi Swasta di Nusa Tenggara Timur yang memiliki RUSUNAWA sebagai asrama mahasiswa yang nantinya akan digunakan menampung mahasiswa